皇崗口岸是配合廣深高速公路建設新開設的口岸。1985年5月開始建設,1989年12月29日貨運部分啟用通車,1991年8月8日客運部分開通使用。目前聯檢樓等產權歸屬仍不明晰,但使用權屬于政府。1994年11月3日起,開辟兩條貨檢通道試行24小時通關,并設置了空車驗放專用通道。1997年3月20日開通了皇崗—落馬洲(港方口岸)穿梭巴士服務,為方便旅客過境開辟了一條新的途徑。1999年10月,實行車輛自然分流通關,即除部分貨物、車輛按照有關規定維持現行做法從指定口岸進出境外,其他行走文錦渡、沙頭角口岸的貨車在原行走口岸晚上關閘以后,可行走皇崗口岸24小時通關的貨車通道。2003年1月27日零時起,皇崗口岸實行旅檢通道24小時通關。
皇崗口岸是我國唯一全天候通關的口岸。旅檢和貨檢均全日通關,其中貨檢正常通道早晨7:00時開閘,晚22:00時關閘,但晚22:00至24:00時保留六條通道運行(進2出4)。" />
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